、指代不同：
1、祟：原指鬼怪或鬼怪害人（迷信），借指不正当的行动。
2、崇：表示高、终了等含义；也做地名，传为夏禹之父鲧所封之地；崇也是姓氏之一。
二、性质不同：
1、祟：会意。从示，从出。示，与鬼神有关。表示鬼魅出来作怪。本义：鬼神制造的灾祸。
2、崇：形声。从山，宗声。本义：山大而高。
“崇”字原为“嵩”字，这是个会意字，指“山高大”。异体字写作“崧”。“嵩”字的本义指“山高大”，后来这个字用来特指五岳中的中岳“嵩山”。后来用法分化，专用“嵩”字表示“嵩山”，而“崇”字泛指高大，另外的“崧”字作为异体字淘汰了。“崇”引申为一般的、指向较宽泛的“高”时，既可以指有形的物体，也可以指无形的东西，如精神或思想领域方面的事物，这种用法从古至今大体一致。如“崇论宏议”，就表示论议高超。“崇”字有“尊敬”“推崇”的意思，“推崇”也就是“以之为高”。“崇敬”和“崇尚”的“崇”字都有“推崇”的意思。
“祟”是一个汉字，读作suì，本意是指鬼怪或指鬼怪害人，引申义是不正当的行动。该文字在《战国策·齐策》等文献均有记载。原文：“寡人不祥，被于宗宙之祟，沉于谄谀之臣，开罪于君。”
一样的字体，有崇拜、崇敬的意思。