《五更龙宝宝》故事讲述了宠物店店主鹿谷叶三买了一只恐龙蛋化石，怎知竟然孵出小恐龙五更。叶三的女儿初叶成为五更的主人，可是顽皮好动的五更常常给大家增添麻烦，不过每次初叶都能驯服五更。后来，初叶和她的家人朋友和五更无意中去到侏儸纪时代，遇见更多的恐龙，和经历很多奇趣的事件……